# STEM_TABLE

# Description

La STEM_TABLE est une table intermédiaire qui contient les champs des tables stockant les différents événements médicaux: DRUG_EXPOSURE (prises de médicaments), PROCEDURE_OCCURRENCE (actes médicaux), CONDITION_OCCURRENCE (diagnostics), DEVICE_EXPOSURE (dispositifs médicaux) , MEASUREMENT (examens médicaux donnant lieu à une mesure) , OBSERVATION (observations) et SPECIMEN (prélèvement d'échantillons).

# Commentaires généraux

La STEM_TABLE contient tous les champs des tables mentionnées ci_dessous, ils sont au préalable rendus agnostiques du domaine dont ils proviennent. Par exemple : drug_concept_id, procedure_concept_id ou encore device_concept_id sont représentés par le champ : concept_id.
Les tables du SNDS qui les alimentent ces tables événements sont traitées séparément dans la construction de la STEM_TABLE, en fonction de leur domaine a priori. Puis toutes les occurrences de cette table sont ensuite redistribuées vers les différentes parties, en fonction du champ domain_id, qui contient le domaine du concept standard associé à l'occurrence.
De même, le remplissage des différents champs est agnostique du domaine théorique de l'occurrence. Par exemple, le champ end_date n'est pas présent dans la table PROCEDURE, mais on cherche tout de même à le remplir lors du traitement de la table _ER_CAM_F.

# Tables et variables utilisées dans le modèle OMOP

# Variables du format OMOP-CDM remplies

Variable OMOP	Description	Type	Clé primaire	Clé étrangère	Table de la clé étrangère
id*	Identifiant unique de l’événement médical pour un patient.	integer	Oui	Non
person_id*	Identifiant du patient pour qui l'événement est enregistré.	integer	Non	Oui	PERSON
concept_id*	Concept standard correspondant au concept source codant l’ événement médical.	integer	Non	Oui	CONCEPT
start_date*	Date de début de l’événement	date	Non	Non
start_datetime		datetime	Non	Non
end_date	Date de fin de l'événement.	date	Non	Non
end_datetime		datetime	Non	Non
type_concept_id*	Ce champ peut être utilisé pour déterminer la provenance de l'enregistrement de l’événement médical, c'est-à-dire si l’enregistrement provient d'un système de dossier médical électronique, d'un remboursement, d'un registre ou d'autres sources.	integer	Non	Oui	CONCEPT
status_concept_id	[Spécifique au domain Condition] Ce concept représente le moment de la visite où le diagnostic a été posé (diagnostic d'admission, diagnostic final), si le diagnostic a été posé suite à un examen biologique ou par exclusion ou s'il s'agit d'un diagnostic préliminaire, par exemple.	integer	Non	Oui	CONCEPT
quantity	Nombre d’occurrence de l’événement médical (ou quantité administrée) au cours de la visite.	integer	Non	Non
provider_id	Le professionnel de santé associé à l’événement médical, par exemple le professionnel qui a posé le diagnostic ou le prestataire qui a enregistré le symptôme.	integer	Non	Oui	PROVIDER
visit_occurrence_id	Visite pendant laquelle l’événement médical a eu lieu.	integer	Non	Oui	VISIT_ OCCURRENCE
source_value	Concept codant l’événement médical dans les données source.	varchar(50)	Non	Non
source_concept_id	Identifiant unique attribué au concept source (source_value) lorsque celui-ci est intégré aux vocabulaires d’OHDSI. Il n’est pas nécessairement standard.	integer	Non	Oui	CONCEPT
status_source_value	[Spécifique au domain Condition] Cf définition de status_concept_id, mais telle que l’information est codée dans les données source.	varchar(50)	Non	Non
domain_id	Domaine d’appartenance du concept_id ou domaine de l’événement médical dans les données source si le concept_id est à 0.	varchar	Non	Oui	CONCEPT