Documentation de l'ETL

Dans cette section, vous trouverez les règles de transformation du SNDS au format OMOP-CDM, V5.3 (opens new window) en langage naturel. Les descriptions des tables et variables présentes dans cette documentation sont tirées de la documentation OHDSI du modèle OMOP-CDM (opens new window).

Il est conseillé de traiter les tables dans l'ordre suivant :

• LOCATION
• CARE_SITE
• PERSON
• OBSERVATION_PERIOD
• PROVIDER
• VISIT_OCCURRENCE
• STEM_TABLE

Développement de l'ETL

• La section traitements préliminaires décrit les changements préalables qui ont été effectués sur les tables DCIR pour faciliter le développement de l'ETL.

• La section macros recense les principales macros utilisées lors du développement de l'ETL.

L'intégralité des scripts SQL effectuant la transformation de l'échantillon SNDS au format OMOP-CDM est disponible sur ce dépot GIT (opens new window).

Premiers travaux

Ces travaux de transformation sont une première version du SNDS OMOP-CDM. Des erreurs peuvent subsister et des choix peuvent être questionnés. N'hésitez pas à contribuer à l'amélioreration de l'etl via Gitlab ou en créant des tickets sur la documentation.

Accéder au code source

Le code source est disponible sur le dépôt Gitlab suivant (opens new window)