Documentation du SNDS & SNDS OMOP

# Travaux pratiques formation GitLab

Cette page contient les travaux pratiques des formations GitLab pour contribuer à la documentation.

Le support de formation ci-dessous peut être ouvert en suivant ce lien (opens new window).

# TP 1 : Explorer les outils

  • Forum d’entraide : entraide.health-data-hub.fr/ (opens new window)

    • Exploration
    • Recherche
      • Comment identifier les consultations dans le cadre du suivi de grossesse ?
      • Comment identifier les Forfait Prestation Intermédiaire (FPI) dans le PMSI ?
    • Bonus : Créer un compte
      • Un compte vous abonnera aux nouveautés par un email hebdomadaire (configurable).
      • Un compte vous permet de contribuer : mettre un cœur sur une réponse qui vous paraît utile.

  • Dictionnaire interactif : health-data-hub.shinyapps.io/dico-snds/ (opens new window)

    • En quelle année a été créée la variable TOP_AVASTIN ?
    • Quelles variables utilisent la nomenclature IR_SLM_V ?
    • Dans quelles nomenclatures peut-on retrouver le terme otite ?
    • Quelle est la clé de jointure entre IR_IMB_R et IR_BEN_R ?

# TP 2 : Rédiger au format Markdown

Reproduire sur l'éditeur CodiMD (opens new window) la présentation affichée à l'écran.

Utiliser le document CodiMD partagé, en suivant lien donné en formation.

# TP 3 : Naviguer dans l'interface GitLab

  1. Se connecter à gitlab.com (opens new window).

  2. Aller sur le projet Gitlab programmes-SNDS : gitlab.com/healthdatahub/programmes-sdns (opens new window)

    • Combien d'organisations ont partagé des programmes sur ce projet ?
    • Quand a été créé le dossier de Santé publique France ?

  3. Aller sur le projet GitLab documentation-snds : gitlab.com/healthdatahub/documentation-snds (opens new window)

    • Note : on est exceptionnellement ici sur le projet principal, pas celui de formation
    • Trouver la fiche cartographie_pathologies.md
      • Quelle est la 2ème ligne de texte brut de cette fiche ?
      • Quelle modification a eu le 25 juin 2019 ?
    • Quelle est la dernière issue ouverte ?
    • Quelle est la dernière issue fermée ?
    • Quels sont les derniers fichiers modifiés dans la branche ecriture_fiche_foin ?

  4. Proposer une modification

    • Parcourez les pages du site de documentation, en particulier les fiches de glossaire
    • Chercher une proposition d'amélioration simple à faire : ajout d'une phrase, faute d'orthographe, référence à ajouter, etc.
    • Assurer vous d'être sur le site de formation (l'adresse web commence par formation-gitlab)
    • Utiliser le bouton de bas de page Proposer une modification
      • Compléter la description
      • Préciser éventuellement le titre
      • S'assigner soi même
      • Ignorer les autres options
      • Soumettre l'issue

# TP 4 : Modifier un document - commit

Allez sur la page pour laquelle vous avez proposé une modification à l'exercice précédent.

TIP

Si vous n'avez pas proposé de modification, choisissez une fiche sur laquelle faire une modification simple.

  1. Cliquer sur le bouton Éditer en bas de page

  2. Réalisez la modification simple proposée

  3. Enregistrer la modification dans un commit en bas de page

    • Commit message : Écrire une description courte (60 caractères) mais explicite.
      • Exemple "Correction 2ème étape algorithme FOIN"
    • Target Branch : Choisir un nom de branche court, sans espace ni caractère spéciaux, mais explicite.
      • Exemple "precision-fiche-foin"
    • Garder cochée la case Start a new merge request with these changes
    • Cliquer sur le bouton Commit changes

  4. Remplir le formulaire de merge-request

    • Corriger si besoin le titre
    • Ajouter si utile une description détaillée
    • Assigner à la merge-request à votre binôme
    • Ne pas se préocuper de toutes les autres options
    • Enregistrer en bas de page

Bravo !

Votre première modification est prête à être publiée en ligne après relecture de votre binôme

Conseil : Cent fois sur le métier remettez votre ouvrage

Reproduisez l'exercice sur une nouvelle fiche.

# TP 5 : Relire une merge-request

Ci-dessous :

  • MR_1 : désigne la MR que vous avez ouvert
  • MR_2 : désigne la MR que votre binôme a ouvert et vous a assigné pour relecture

  1. Relire la merge-request de votre binôme (MR_2)

    • Ouvrir l'onglet Changes
    • Faire un commentaire (bulle bleu à gauche) associé à une ligne demandant une modification
    • Bonus : Faire un 2ème commentaire avec l'option suggestion

  2. Prendre en compte la relecture qui a été faite sur votre merge request (MR_1)

    • Onglet Changes > Bouton crayon Edit file pour ouvrir le bon fichier dans la bonne branche
    • Réaliser les modifications et enregistrer dans un commit avec un titre clair
    • Vérifier que toutes les fils de discussions (thread) sont traités dans l'onglet Overview. Appliquer éventuellement les suggestions.

  3. Relire à nouveau la merge-request de votre binôme, puis la valider (MR_2)

    • Cliquer sur le bouton Approve pour signifier que vous valider le travail
    • Dé-assigner l'auteur et le relecteur de la MR
    • Assigner un mainteneur pour la fusion (liste (opens new window))
    • Aller voir la version de prévisualisation (attendre que ce soit prêt = 2ème cercle en vert)

# TP 6 : Créer une merge-request depuis une issue

  1. Ouvrir une issue sur le projet gitlab de formation (opens new window) proposant une modification simple

    • Passer par l'onglet "board" (> filtre "Rédaction" > 1ère colonne)
    • Titre : Soyez clair ! il doit être compréhensible d'un coup d'oeil. Indiquer le nom de la fiche et le sujet
    • Corps de description : Soyez précis ! Expliquer le problème, donner le lien hypertexte vers la page, proposez la solution
    • Assigner l'issue à vous et à votre binôme qui sera chargé de la relire

  2. Relire l'issue de votre binôme

    • Si besoin, ajouter un commentaire pour demander des précisions
    • Après éventuelle discussion, quand tout est clair, déplacer l'issue dans la colonne "À faire" (ou de façon équivalente, ajouter l'étiquette "À faire"

  3. Ouvrir la merge-request pour traiter l'issue de votre binôme

    1. Dans la page de l'issue, cliquer sur le bouton Create merge request
    2. Cette action créé une branche et une MR vide
      • Comment est construit le nom de la branche ?
      • Et le titre de la MR ?
    3. S'assigner à soi-même la MR
    4. Bonus
      • Cliquer sur le lien vers l'issue. La basculer au statut"En cours"
      • Cliquer sur le lien pour revenir à la MR
      • Modifier la description de la MR avec un résumé de l'issue

  4. Modifier le fichier pour répondre à l'issue

    1. Se placer sur la bonne branche
    2. Retrouver le fichier
    3. L'éditer
    4. Enregistrer la modification dans un commit avec un résumé clair
      • vérifier que le nom de la branche est bon. Si c'est le nom par défaut patch-X, votre travail ne sera pas enregistré sur la branche de la MR.

  5. Demander une relecture

    1. Retirer le tag WIP: => les relectures sont ouvertes !
    2. Assigner un relecteur
      • dans ce cas d'exercice, choisissez votre binôme, auteur initial de l'issue

# TP 7 : Faire des modifications plus complexes

  • Choisir une fiche pour faire les exercices suivants.
  • Faîtes tous ces exercices sur la même branche
    • Toujours bien repartir de cette branche avant une modification
    • La merge-request associée à la branche évoluera sans besoin d'en recréer
  • Pas besoin de créer une issue au préalable

# Ajouter un lien externe vers une ressource web

Première modification assez simple, au cours de laquelle on créée la branche et la merge-request.

# Ajouter un lien interne vers une autre page du site

Il faut pour cela utiliser un chemin relatif, en utilisant un double point pour remonter d'un répertoire

Exemple : [CMU-C](../fiches/cmu_c.md) pour CMU-C

# Ajouter un fichier en téléchargement

  • Suivre le tutoriel pour ajouter un nouveau fichier dans le dossier files
  • Insérer un lien relatif vers ce fichier pour permettre de le télécharger

# Ajouter une image

  • Ajouter un fichier image dans le dossier file (suite du tutoriel nouveau fichier)
  • Inserer l'image dans la fiche
    • vérifier que la prévisualisation markdown affiche l'image

# Ajouter un encart

  • Regarder les pages existantest pour la syntaxe Markdown spécifique pour faire des encarts verts, orange ou rouge

# TP 8 : Ajouter des programmes

TP optionnel :

  • Créer un dossier pour votre organisation dans le projet programmes-snds (opens new window)
  • Ajouter un README selon les consignes du fichier CONTRIBUTING.md
  • Ajouter un programme documenté

# TP 9 : Créer une nouvelle fiche de glossaire

Note

Pour cet exercice, voir aussi la page de documentation dédiée

Ecrire une issue demandant à créer une fiche de glossaire sur une notion non abordée.

Créer la merge-request résolvant cette issue.

Créer un nouveau fichier dans le dossier glossaire

  • nom en minuscule, sans espace ni caractères spéciaux, avec l'extension .md
  • copier-coller le contenu d'une autre fiche plus complète pour reprendre la structure

# TP 10 : Utiliser le Web IDE ou l'édition distante

La fonction Web IDE est un autre mode d'édition, qui permet d'éditer plusieurs fichiers simulanément.

S'en servir pour, dans des commits successifs :

  • renommer un fichier
  • déplacer un bout de texte d'un fichier vers un autre

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