# Programmes mobilisant la base principale du SNDS
Crédits
Cette fiche a été mise à jour en octobre 2026 par la Plateforme des Données de Santé.
L’objectif est de proposer une vue d’ensemble des programmes publics en lien avec la base principale du SNDS. Cette liste ne se veut pas exhaustive. N’hésitez pas à contribuer (opens new window) si vous identifiez d’autres ressources à ajouter.
A noter
L'ensemble des programmes partagées, tous langages confondus, sont compatibles avec le portail SNDS pour les organismes avec accès permanent (profil 108). Pour les utilisateurs avec accès sur projet, les codes devront être adaptés avant de les faire tourner.
# 1. Les ressources en libre accès
La documentation collaborative du SNDS (opens new window)
La documentation collaborative du SNDS réunit plusieurs programmes en lien avec la base principale (BP) du SNDS :- Plusieurs fiches thématiques contiennent des requêtes ciblés par sujet. Par exemple,
- Actes et consultations externes
- Bénéficiaires du dispositif ALD
- Requêtes type dans les PMSI-HAD, le PMSI-MCO, le PMSI-PSY et le PMSI-SSR
- etc... ;
- Certaines ressources partagées peuvent aussi contenir des bouts de codes sur des sujets spécifiques comme :
- Le Guide de Santé Publique France avec le comptage des bénéficiaires en doublon
- Le rapport La géographie dans le SNDS du réseau ReDSiam avec un exemple de programme de correction des codes des départements et des communes ;
- La section CNAM met également à disposition des requêtes types dans les sections Partage de code / SAS et Partage de code / R. Par exemple :
- Macro Traitements des urgences dans le PMSI
- Programme ATIH des réhospitalisations à 30 jours par département/commune
- Plusieurs fiches thématiques contiennent des requêtes ciblés par sujet. Par exemple,
La Bibliothèque Ouverte d'Algorithmes en Santé (BOAS) (opens new window)
Dépôt GitLab BOAS (opens new window)
La BOAS est un catalogue open source géré par la Plateforme des Données de Santé qui rassemble, documente et partage des algorithmes et programmes afin de faciliter le traitement et la réutilisation sécurisée des données de santé (comme la BP SNDS) par la communauté médicale et scientifique.
Par exemple :- Cartographie des pathologies et des dépenses - version G12, CNAM (opens new window)
- Magic Loop, DNUM/SCN (opens new window) : Outil d'extraction simplifiée permettant, à partir d’une requête élaborée sur un mois de flux (en code
SAS), de récupérer un ensemble des données du DCIR en tenant compte des contraintes de partitionnement. - Standardisation de la BP-SNDS selon le modèle OMOP - projet EHDEN / Persephone, PDS) (opens new window)
- Algorithme de repérage des individus avec des limitations psychiques, intellectuelles ou cognitives à partir des données de l'Assurance maladie en France, IRDES (opens new window)
Site web de documentation de la Haute Autorité de la Santé (HAS) (opens new window)
Dépôt GitLab HAS (opens new window)
La HAS alimente un dépôt public regroupant l'ensemble des codes et algorithmes qu'elle a développés sur la BP du SNDS et d'autres bases de données. Pour la BP du SNDS, il couvre notamment des projets sur :- L'évaluation des pratiques de soins (ex : indicateurs en cardiologie (opens new window), utilisation des médicaments en accès précoce (opens new window))
- Le traitement de données (ex : données volumineuses avec R sur le portail Cnam (opens new window))
Dossier outils du dépôt GitLab de la DREES (opens new window)
La DREES met à disposition différents scripts de ces projets portant sur la BP du SNDS dont :- Comptes nationaux de la santé - edition 2026 (opens new window) : projet de micro-fondation des comptes de la santé qui ne peut tourner que le portail Cnam
- Production de l'indicateur d'Accesibilité Potentielle Localisée (APL) (opens new window) : programmes utilisant la BP du SNDS ainsi que des données sur les FINESS (DREES), les populations municipales et le distancier mesure des trajets inter-communes (Insee)
Dépôt GitLab Outils SNDS du centre DRUGS SAFER (opens new window)
Le centre DRUGS-SAFEr met à disposition un ensemble de macros SAS utilisables sur le portail Cnam permettant de faire :- Des extractions (opens new window) à partir de la table des prestations et des différentes tables affinées de la BP du SNDS
- De constituer un référentiel de patients avec un identifiant unique (opens new window), éliminant ceux avec des incohérences concernant leurs données socio-démographiques et donnant un historique de leurs affiliations annuelles sur la période d'étude.
Projet Pepidoc de Thomas SOEIRO (opens new window)
Le projet Pepidoc, développé par Thomas Soeiro, documente les spécificités logicielles du portail Cnam et du traitement des données SNDS sous Oracle et R, en proposant des exemples de code fonctionnels dans son dépôt GitLab (opens new window) et des liens vers les documentations de référence liées à la BP du SNDS.
# 2. Exemples de programmes par finalité
# 2.1 Ciblage de population
De nombreux programmes sont disponibles en langage SAS et Rpour extraire les prestations remboursées de soins en utilisant les différentes nomenclatures disponibles dans la BP du SNDS. Voici une liste non exhaustive des principaux packages mis à disposition par la communauté des utilisateurs :
| Lien et auteur(s) / Type de ciblage | ALD | Médicaments | Biologie | Actes CCAM | Dispositifs médicaux LPP | Séjours MCO | Codes prestations | Langage |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Requêtes-types (BOAS) (opens new window), SpF | X | X | - | - | - | X | - | SAS |
| Outils SNDS (opens new window), équipe Drugssafer | X | X | X | X | X | X | X | SAS |
| SNDSTools (opens new window), HAS - Institut du Cerveau - APHP | X | X | - | - | - | X | X | R |
| Programmes de ciblage (opens new window), CNAM | X | X | - | - | - | X | - | SAS |
# 2.2 Consolidation de la population ciblée
Des programmes complémentaires permettent de consolider la population ciblée :
- Constituer un référentiel de patients avec identifiant unique (Outils SNDS (opens new window)),
- Extraire les informations socio-démographiques les plus récentes dans les référentiels bénéficiaires (Requêtes-types (opens new window)),
- Récupérer les causes de décès dans les tables du CépiDC (SNDSTools (opens new window)).
# 2.3 Exploitation, calcul d'indicateurs et prévalences
Exemples de projets réalisés sur la BP du SNDS ayant mis leur code en opensource :
- Dépistage biologique de l'insuffisance rénale chronique (opens new window) — Ministère DNUM - Agence Régionale de Santé (ARS)
Algorithme DCIR visant à repérer les patients à risque vasculaire (diabète, hypertension artérielle) et à suivre le dépistage biologique de l’IRC dans cette population. - Suivi de la vaccination pour la coqueluche des femmes enceintes (opens new window) — Ministère DNUM - Agence Régionale de Santé (ARS)
Programme permettant d'identifier les femmes enceintes dans le SNDS, de déterminer leur période de grossesse et de mesurer la couverture vaccinale contre la coqueluche (par mois d'accouchement et par territoire). - La base Restes à charge SNDS (opens new window) - DREES
Programmes permettant de produire une base de données individuelles sur les dépenses et de restes à charge, à partir de la BP du SNDS et sur le champ exhaustif annuel des dépenses de santé présentées au remboursement de l'AMO
Échanger entre utilisateurs
Sur le Forum entraide du SNDS, l'espace Collaboration et revue de scripts (opens new window) permet d'échanger avec la communauté (questions, partages de scripts R/SAS, etc.).